Краткое резюме
já que = поскольку / раз уж (вводит причину)
por isso = поэтому / вот почему (неформальное следствие)
portanto = следовательно / таким образом (формальное следствие)
Já que: в начале или в середине
Por isso: обычно после запятой
Portanto: гибко, но формально
Логика: já que→результат против причина→por isso
Стиль: por isso < portanto