Краткое резюме
des- — рабочая лошадь: отменяет, выключает и отрицает, то есть работает как твои раз- и от-: *fazer → desfazer* (отменить сделанное), *ligar → desligar* (выключить), *conhecido → desconhecido* (неизвестный).
in- подстраивается под корень: im- перед p и b (impossível — невозможный), i- перед l (ilegal — незаконный), ir- перед r (irreal — нереальный), in- во всех остальных случаях (infeliz — несчастный). Это твоё не-, но собирать им новые слова нельзя.
re- значит «снова, обратно» и переводится твоим пере-: *ver → rever* (пересмотреть), *começar → recomeçar* (начать заново).
Приставки места и времени: sub- под (subsolo — подвал), sobre- над (sobrecarga — перегрузка), ante- до (anteontem — позавчера), pré-/pós- (pós-graduação — аспирантура).
super-, hiper-, mega-, ultra-, extra- — семья усиления, и все пять у тебя уже есть: supercansado (суперуставший), megafestival (мегафестиваль).
Дефис появляется, только когда буквы сталкиваются (micro-ondas — микроволновка) или корень начинается с h (super-homem — сверхчеловек); в остальном пиши слитно: autoescola (автошкола).
Ударные pré-, pós-, pró- всегда держат дефис и значок (pré-pago — предоплаченный), безударные — никогда (proativo — проактивный). И главное: вида португальские приставки не меняют — делать → сделать здесь не работает.